A klón háború elején Thire, Jek és Rys Yoda mesterrel tartottak rugosai küldetésére. A hajójukat megrongálta egy Munificent-osztályú fregatt, ezért a Jedi és három klón társa kénytelen volt egy mentőkabinban a hold felszínére érkezni.

Az Asajj Ventressszel folytatott rövid konzultáció után AAT-k és harci droidok rontottak rájuk, de sikeresen átverekedték magukat rajtuk. Thire ugyan megsebesült, de harcolt tovább. Végül siker koronázta fáradozásikat, ugyanis Katuunko király a Galaktikus Köztársaság pártjára állt.

Később előléptették parancsnokká, így Palpatine főkancellár közvetlen közelében teljesített szolgálatot. A coruscanti csata alatt ő és katonái aktívan részt vettek a bolygó védelmében.

Thire szerint az erősnek vélt helyőrség korántsem elegendő arra, hogy feltartson egy nagyobb hadsereget. Legrosszabb félelmei váltak valóra, amikor Grievous tábornok és csapatai lerohanták a bolygót. Appo parancsnok 501-es Légiójával karöltve sikeresen védték a szenátusi kerületet, de Palpatine főkancellár elrablását már nem tudták megakadályozni.

A 66-os parancs

A 66-os parancs és a lovaghullás hadművelet véget vetettek a háborúnak. A Palpatine és Yoda között zajló párbaj után Thire azt a feladatot kapta, hogy találja meg a jedit. Palpatine szándékosan őt küldte, mert tudta, hogy Yoda megmentette az életét, és ezzel tesztelte a hűségét. A kutatás eredménytelenül zárult. De ekkor a Mustafarra kellet utazniuk, ahol az uralkodó tanítványa, Darth Vader nagy veszélyben volt. Thire és emberei kísérték azt a kapszulát amiben a súlyosan sérült Sithet szállították.

A Birodalom felemelkedése

Ahogy Sidius hatalma kiterjedt az egész galaxisra, a sokk katonák a Coruscant rettegett őreivé, a gonosz hatalom egyik legfőbb támaszává váltak.