A klónok háborúja cselekménye a Star Wars II. rész: A klónok támadása és a Star Wars III. rész: A Sith-ek bosszúja eseményei között zajlik.

A történet szerint dúl a polgárháború (ld. klónháború) a Szeparatista Rendszerek Konföderációja és a Galaktikus Köztársaság között. A kaotikus helyzetben a közismert gengsztervezér, Jabba a Hutt nagyon kiskorú fiát, Rotta a Huttot (Pufit) ismeretlen személyek elrabolják, Jabba pedig, miután minden erőfeszítése kudarcot vall, hogy megtalálja, segítséget kér a Köztársaság Szenátusától. A helyzet nagyon kényes: ha sikerül a mentőakció, és Rotta élve előkerül, akkor Jabba ígérete szerint megnyitja az általa ellenőrzött hiperűrutakat a köztársasági flotta előtt, amely tetemes előnyhöz juttatná őket a háborúban. Azonban, ha az akció nem sikerül, akkor Jabba átadja a megbízást a szakadároknak. Az is nyilvánvaló, hogy ha Rotta komolyan megsérül a mentőakció során, akkor Jabba haragjában valószínűleg beszáll a háborúba a köztársaság ellen.

A Jedi-tanács mégis vállalja a kihívást, és Anakin Skywalkert és Obi-Wan Kenobit bízza meg Rotta megmentésével. Yoda és Obi-Wan Kenobi Anakin mellé adják Ahsoka Tanót („Szájas”) tanítványként, akit a Jedi eleinte vonakodva fogad. Közben a szakadárok sem tétlenkednek: Dooku gróf beveti csatlósait, köztük Asajj Ventresst, hogy akadályozzák meg a Jediket a Hutt kiszabadításában - végső esetben öljék meg a csecsemőt. Dooku közben megpróbálja elhitetni az eszeveszetten aggódó és ezért minden szalmaszálba belekapaszkodó Jabbával, hogy a Jedik állnak az emberrablók mögött.(forrás:wikipedia.hu)