Tíz évvel a Baljós árnyak cselekménye után (22 YE) a Galaktikus Köztársaság hatalmas krízisben van, a felbomlás szélén áll: több tízezer bolygórendszer kinyilvánítja szándékát, miszerint kilép a Köztársaságból. A szakadárok (szeparatisták) élén a titokzatos Dooku gróf, egy egykori Jedi-lovag áll.

Miután Coruscanton ismeretlenek sikertelen merényletet követnek el Naboo volt királynője, Padmé Amidala ellen, a Jedi TanácsPalpatine szenátor javaslatára két Jedi testőrt rendel ki a nő mellé: Obi-Wan Kenobit és annak tanítványát, Anakin Skywalkert. Éjszaka azonban egy Zam Wessel nevű merénylő ismételten az életére tör, de a két Jedi elhárítja a támadást. Egy hosszas légisiklós üldözés után Wessel egy szórakozóhelyre menekül, és sikertelenül próbálja megölni Kenobit, aki fénykardjával megsebesíti. A Jedik nyomban vallatni kezdik a sebesültet, ekkor egy másik fejvadász is megjelenik, végez társával, majd elmenekül.

A történtek után PalpatineFőkancellár és a Jedi Tanács a biztonságosnak tűnő Naboora küldi Padmét és Anakint (R2-D2 kíséretében). Az Anakin és Padmé közti egykori gyermekkori barátság és rokonszenv lassan szerelemmé válik, de a lánynak kételyei vannak: ha engedne érzelmeinek, kompromittálná Anakint, mivel tönkretenné a Jedi-rendben ígéretesnek tűnő karrierjét (a Jedik számára ugyanis tilos a más egyénekhez fűződő érzelmi kötődés). Így visszautasítja Anakint, csak a barátságát fogadja el, és egy önkéntelenül elcsattanó csóknál nem jut tovább a testi kapcsolatuk.

Mikor Anakin egy rémálmában anyját látja szenvedni, Padméval együtt szülőbolygójára, a Tatuinra siet. Itt volt gazdája, Watto elárulja neki, hogy Shmit egy Cliegg Lars nevű férfi vette meg, felszabadította és elvette feleségül. Mikor meglátogatja, a férfi elmondja Anakinnak, hogy anyját egy taszken banda rabolta el, és valószínűleg már meg is ölte. A fiú ennek ellenére megkeresi Shmit, ám mikor rátalál, az a kezei közt hal meg. Anakin Jedihez nem méltó módon, bosszúból lemészárolja a környéken táborozó taszkeneket, feleségestül és gyerekestül; majd visszatérve eltemeti anyját.

Mindeközben Obi-Wan nyomozni kezd a rejtélyes fejvadász után. Így jut el egy peremvidéki bolygóra, Kaminora, ahol megdöbbentő dolgot fedez fel: egy üzemben harcosokat klónoznak, az ottaniak állítása szerint a Köztársaság számára.

Kenobi találkozik a harcosok mintaegyedével, egy Jango Fett nevű fejvadásszal. Sejti, hogy ő állhat az Amidala szenátor elleni merényletek mögött. A Jedi-tanács utasítja Kenobit, hogy vigye a fejvadászt a Coruscantra, hogy kihallgathassák. Jango azonban fiával, Bobával menekülni kezd, rövid kézitusa után meg is szöknek. Kenobinak azonban sikerül egy jeladót elhelyeznie az űrhajójuk burkolatán, és így követni tudja őket egészen a Geonosis nevű bolygóig. A Geonosist övező meteorgyűrűben a fejvadász észreveszi, rövid űrcsatát vívnak, melynek végén Kenobi elrejtőzik, Jangoék pedig azt hiszik, sikerült megölniük.

Obi-Wan rettenetes dologra bukkan a Geonosison: Dooku gróf, Nute Gunrayhelytartó, és még néhány nagyobb cég vezetője egymást támogatva egy hatalmas droidsereget épít, hogy később majd polgárháborút robbantson ki a Köztársaságban. Mikor azonban Obi-Wan ezt közli Coruscanttal, Dooku katonái elfogják, majd bebörtönzik.

Padméék is értesülnek a Jedi elfogásáról, így elbúcsúznak Clieggtől és családjától (Owentól és Berutól), majd Anakin volt tolmácsdroidjával a Geonosisra repülnek. Csakhogy itt több száz geonosisi várja már őket, nem sokkal később pedig Jango Fett is feltűnik, így ők is fogságba esnek.

A három rabot kémkedés miatt halálra ítélik, Obi-Wan pedig meglepő dolgot tud meg Dookutól: a gróf állítása szerint a Szenátust egy Darth Sidious nevű Sith Nagyúr irányítja, és több száz szenátort tart befolyása alatt

Eközben a Coruscanton Bail Organa szenátor és Palpatine javaslatára Jar Jar Binks sikeresen ráveszi a Szenátust, hogy rendkívüli jogokkal hatalmazzák fel a Főkancellárt, aki ezután hatalmával élve, elrendeli egy Köztársasági Hadsereg felállítását.

A Geonosison elkezdődik Kenobiék kivégzése, előtte azonban Anakin és Padmé szerelmet vallanak egymásnak (minthogy mindketten azt hiszik, nemsokára meghalnak, korábbi kételyeiket okkal tehetik félre). Miután kiláncolták a három foglyot, a geonosisiak három vérengző állatot engednek rájuk az arénában: egy reeket, egy acklay-t, és egy nexut. Míg Anakinék kiszabadítják magukat, és felveszik a harcot támadóikkal, a nézőtéren Mace Windu vezetésével több száz Jedi tűnik fel.

Dooku azonban harci droidok ezreit ereszti rá a váratlan látogatókra, így hatalmas harc kezdődik, később pedig Yoda mester is megérkezik a klónok hadseregével, így a harc csatává alakul. Míg Windu mester végez Jango Fettel, Obi-Wan és Anakin Dooku gróf nyomába erednek, aki egy titkos fegyver terveivel megpróbál elmenekülni.

A hajsza egy hangárban ér véget, ahol a két Jedi szembeszáll a Sith-té lett gróffal. A fénykardpárbaj során Obi-Wan és Anakin súlyos sebeket kapnak (Anakin önfejűsége miatt elveszti a jobb karját), ám mikor Dooku a kegyelemdöfést adná, megjelenik Yoda. Dooku ezúttal a Jedi mesterrel kezd vívni, ám mikor látja, hogy ellenfelével nem bír el, inkább egy csellel elmenekül.

A történtek után Anakin egy robotkezet kap, és a Naboon titokban összeházasodik Padméval, Dooku pedig a Coruscantra érkezik, hogy találkozzon mesterével, Darth Sidious-szal. Elkezdődött a Klónok Háborúja!(forrás:wikipedia.hu)